Hoewel ze allebei met plantenextracten werken, bestaat er een hemelsbreed verschil tussen homeopathie en fytotherapie.
Fytotherapie verschilt in essentie niet veel van farmacotherapie (farmaceutische geneesmiddelen). Vele geneesmiddelen zijn immers afgeleid uit planten. Farmacotherapie zuivert en gebruikt echter één stofje uit de plant, terwijl fytotherapie in de geneeskracht van de volledige plant gelooft. In een plant zijn immers meerder actieve stoffen aanwezig. Volgens de fytotherapie hebben die stoffen een synergetische werking, d.w.z. ze versterken elkaars geneeskracht.

Homeopathie gebruikt verdunningen van plantenextracten totdat er geen enkel stofje meer aanwezig is in de oplossing. Volgens aanhangers van de homeopathie laten de oorspronkelijke stoffen informatie achter in de verdunningen. Homeopaten spreken ook over het geheugen van water: het water onthoudt de geneeskracht van de oorspronkelijke stoffen. De informatie zit vervat in de energie van het water en wordt doorgegeven aan zieke cellen.
Homeopathie werkt bovendien volgens het “Similia” principe, d.w.z.. “de ziekte met de ziekte bestrijden”.