Hooikoorts is het gevolg van een ontregeld afweersysteem. Een belangrijke waarneming is dat mensen met allergie minder antioxidanten in hun bloed hebben, wat mogelijk een oorzaak is van een ontregelde afweer. Antioxidanten zoals quercetine, vitamine C en vitamine E dragen bij tot een beter evenwicht. Ook zink en selenium zijn broodnodig in de strijd tegen oxidatieve stress, maar ze vervullen tegelijkertijd cruciale functies in de afweer.

Een verstoorde darmflora kan aan de basis liggen van allergieën, ook van hooikoorts. Een groot deel van de afweer wordt bepaald in de darmen. Van bepaalde probiotica is dan ook aangetoond dat ze de symptomen van hooikoorts kunnen verminderen, onder meer enkele soorten bifidobacteriën en lactobacillen. Vitamine C, magnesium, bromelaïne (uit ananas) en N-acetylcysteïne worden ook genoemd als natuurlijke middelen tegen hooikoorts.